I GSK 86/24

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Piotr Piszczek Sędzia NSA Piotr Pietrasz Sędzia del. WSA Jacek Boratyn (spr.) Protokolant starszy asystent sędziego Karolina Mamcarz po rozpoznaniu w dniu 6 maja 2026 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 28 czerwca 2023 r. sygn. akt V SA/Wa 2242/22 w sprawie ze skargi Instytutu B. w S. na decyzję Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej z dnia 29 czerwca 2022 r. nr DIR-IX.7343.25.2018.AP.11; IK: 873951 w przedmiocie zobowiązania do zwrotu dofinansowania z udziałem środków z budżetu Unii Europejskiej oddala skargę kasacyjną.

Wyrokiem z 28 czerwca 2023 r., sygn. V SA/Wa 2242/23, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej WSA w Warszawie) po rozpoznaniu sprawy ze skargi [...] (dalej zwanym skarżącym, beneficjentem lub Instytutem) na decyzję Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej z dnia 29 czerwca 2022 r. nr DIR-IX.7343.25.2018.AP.11, IK: 873951, w przedmiocie określenia przypadającej do zwrotu kwoty dofinansowania, uchylił zaskarżoną decyzję. W stanie faktycznym sprawy w dniu 24 listopada 2010 r. pomiędzy Ministrem Nauki i Szkolnictwa Wyższego a beneficjentem została zawarta umowa o dofinansowanie projektu w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka [...]. Funkcja instytucji pośredniczącej została powierzona Narodowemu Centrum Badań i Rozwoju (NCBR). W dniu 2 września 2011 r. opublikowano w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej, "ogłoszenie o zamówieniu", w którym początek realizacji projektu określono na 10 października 2011 r. a zakończenie 29 marca 2013 r. W rozdziale X SIWZ pn. "Wzór umowy" punkt 2, wskazano, że zamawiający dopuszcza możliwość dokonania istotnych oraz nieistotnych zmian postanowień zawartej umowy w stosunku do treści oferty, na podstawie której dokonano wyboru wykonawcy. Zgodnie z punktem 3, "w przypadku zmian istotnych, warunkiem zmiany umowy jest zaistnienie jednej lub kilku z następujących okoliczności: tj. gdy konieczność zmiany terminu wykonania lub odbioru prac danego etapu spowodowana jest przyczynami niezależnymi od wykonawcy, w przypadku zmiany składu wykonawców, w przypadku, gdy ustanie finansowanie projektu, w ramach którego została zawarta umowa". Zgodnie z punktem 4, nieistotne zmiany "to takie, których wiedza o ich wprowadzeniu do umowy na etapie postępowania o udzielenie zamówienia publicznego nie wpłynęłaby na krąg podmiotów ubiegających się o to zamówienie czy też wynik postępowania". W toku postępowania przetargowego wpłynęła jedna oferta podmiotu, z którym została podpisana umowa. Na mocy aneksu nr 1 z 16 grudnia 2011 r. zmieniono umowę w ten sposób, że Etap I miał być zakończony w terminie nie później niż do dnia 30 marca 2012 r. Na mocy aneksu nr 2 z 19 kwietnia 2012 r. zmieniono umowę w ten sposób, że Etap I miał być zakończony w terminie nie później niż do dnia 30 kwietnia 2012 r. Porozumieniem zmieniającym z 12 czerwca 2012 r. dokonano zmian zakresu pracy wykonywanych w ramach Etapu 1 i 3, w ten sposób, że 24 prace, zostały wyłączone z Etapu 1 oraz przeniesione do Etapu 3 umowy. Ponadto strony podzieliły Etap 4 na dwa podetapy. Na mocy aneksu 4 zawartego dnia 10 kwietnia 2013 r. strony postanowiły, że 8 prac wyłączonych z etapu 3 i zostaną wykonane w ramach Etapu 5. Ponadto zmieniono przedmiot umowy. Zmieniono także termin realizacji umowy, np. I etap zrealizowany do 30 kwietnia 2012 , a etap V do 30 września 2013 r. Na mocy aneksu 5 z 29 listopada 2013 r. ponownie zmieniono termin realizacji umowy: etap 4 do 31 stycznia 2014 r., etap V do dnia 14 lutego 2014 r. Zakończenie i odbiór przedmiotu umowy miało nastąpić nie później niż do 28 lutego 2014 r. W dniach 20-23 października 2015 r. Europejski Trybunał Obrachunkowy (dalej jako "ETO") przeprowadził kontrolę projektu realizowanego przez beneficjenta. W "Zawiadomieniu o wstępnych wynikach kontroli" wskazał m.in. zamawiający naruszył art. 144 ust. 1 P.z.p., gdyż w umowie wprowadzono nieuzasadnione istotne zmiany dotyczące terminów i zakresu prac dla poszczególnych etapów. Podkreślono także, że czas trwania umowy został znaczenie przedłużony o ok. 1438 dni. W ostatecznych ustaleniach ETO podtrzymał, że dokonane zmiany postanowień umowy były istotne. Wobec faktu, że wartość umowy nie uległa zmianie, uznano, że ustalenie to nie ma bezpośredniego wpływu finansowego. Ze względy na charakter uchybienia uznano je za błąd niekwalifiowalny. Jednakże Komisja Europejska wskazała na konieczność nałożenia 25 % korekty finansowej w związku z ustaleniami ETO dotyczącymi istotnych zmian w umowie na realizacją zamówienia platforma monitoringu środowiska przyrodniczego. Komisja zgodziła się z wnioskami ETO, że zmiany zamówienia były znaczne (istotne). Uznano, że okres zamówienia został wydłużony o 354 dni. Komisja nie przyjęła argumentacji, jakoby beneficjent przewidział możliwość zmiany zamówienia z przyczyn niezależnych od wykonawcy, jako uzasadnienia znacznych zmian wprowadzonych w omawianym zamówienia. Wskazała, że możliwość zmiany zamówienia trzeba rozważyć w trakcie przygotowywania przetargu i odpowiednie postanowienia muszą się znaleźć w dokumentacji przetargowej i dokumentach zamówienia, z wyraźnym i precyzyjnym określeniem zakresu i charakteru możliwych zmian i warunków, w jakich można je wprowadzić. Możliwość wprowadzenia zmian po podpisaniu umowy jest ograniczona oraz może zostać zastosowana jedynie w wyjątkowych okolicznościach (nieprzewidziane okoliczności) i musi być uzasadniona. W świetle powyższego, pismem z dnia 14 marca 2017 NCBR wezwało beneficjenta do zwrotu kwoty 2 128 358,75 zł wraz z odsetkami, w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych. W dniu 8 grudnia 2017 r. wszczęto postępowanie administracyjne w sprawie zwrotu środków. Decyzją z dnia 12 lipca 2018 r. nr 12/2018, NCBR określiło skarżącemu zobowiązanie do zwrotu środków dofinansowania, otrzymanego na podstawie umowy o dofinansowanie na realizację projektu w kwocie 2 128 358,75 zł wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych. NCBR wskazało, że w wyniku dokonanych pięciokrotnych istotnych zmian umowy beneficjent naruszył art. 144 ust. 1 P.z.p. oraz art. 7 ust. 1 P.z.p. Ponadto ogólnikowa, nieprecyzyjna treść postanowień SIWZ w zakresie przesłanek umożliwiających zmiany ww. umowy naruszała art. 29 ust. 1 i 2 P.z.p. Zdaniem NCBR siedmiokrotne wydłużenie czasu realizacji Etapu 1, dotyczącego kluczowej kwestii opracowania koncepcji tworzonego systemu, stanowiło istotną zmianę umowy, o której wiedza niewątpliwie wpłynęłaby na krąg potencjalnych oferentów. Z kolei okres realizacji całej umowy został wydłużony o ponad rok, tj. od dnia 29 marca 2013 r. (data zakończenia projektu wynikająca z SIWZ i umowy), do dnia 28 lutego 2014 r. (data zakończenia i odbioru przedmiotu umowy wynikająca z aneksu nr 5 z dnia 29 listopada 2013 r.) przy czym odbiór końcowy systemu nastąpił dopiero dnia 2 kwietnia 2014 r. Zdaniem organu wydłużenie czasu trwania umowy z ok. 2,5 roku do ponad 3,5 roku również stanowiło istotną zmianę umowy. Organ I instancji stwierdził, że dokonywane zmiany nie były wywołane przyczynami zewnętrznymi, które w sposób obiektywny uzasadniałyby potrzebę tej zmiany, nie powodując zachwiania równowagi ekonomicznej pomiędzy wykonawcą a zamawiającym. Konieczność wprowadzenia zmian do umowy w zakresie Etapu 1 wynikała z zawinionego przez beneficjenta i wykonawcę przyjęcia nierealnego terminu wykonania ww. Etapu. Z kolei na opóźnienie w kolejnych etapach - a co za tym idzie na konieczność zmian umowy - wpływ miały przyczyny zawinione przez wykonawcę, opóźnienie w Etapie 1 oraz szereg innych okoliczność, nie stanowiących jednak zdarzeń nadzwyczajnych. Zdaniem NCBR zawarta w SIWZ podstawa zmiany umowy nie spełnia wymogów art. 144 ust. 1 P.z.p, w szczególności nie określa warunków tej zmiany. Jest ona zdecydowanie nazbyt ogólna, umożliwiająca zmianę umowy de facto, w każdym, nawet błahym wypadku, za wyjątkiem okoliczności zależnych od wykonawcy. Nie odzwierciedla ona zasady prymatu przejrzystości i jawności procedury, jak również zasady równego traktowania wykonawców oraz zachowania uczciwej konkurencji (art. 7 ust. 1 P.z.p.). NCBR podkreśliło, że o nierealności pierwotnie przyjętego terminu dobitnie świadczy fakt, że we wniosku o płatność nr POIG.02.03.00-00-052/10-11 (wypełnionym 9 listopada 2011 r.- a więc zaledwie 6 dni po zawarciu umowy), w punkcie 16 beneficjent wskazał, że istnieje duże prawdopodobieństwo niedotrzymania terminu zakończenia Etapu 1 w zadaniu 2 oraz, że zamierza złożyć wniosek o aneks przedłużający czas trwania Etapu 1 w zadaniu 2. Skoro zatem 4 dni po planowanym rozpoczęciu Etapu 1 (3/5 listopada), beneficjent wskazywał na duże prawdopodobieństwo niedotrzymania terminu jest oczywiste, że przyjęty termin realizacji był niemożliwy. Reasumując, NCBR wskazało, że zgodnie z twierdzeniami podnoszonymi przez beneficjenta przez cały okres realizacji projektu, do zmian umowy, tj. zawarcia aneksów 2, 3, 4, 5 doszło głownie z przyczyn leżących po stronie wykonawcy w postaci dostarczenia produktów o niskiej jakości, niewywiązywania się z ustalonych terminów dostaw, opóźnienia w dostarczeniu głównego produktu - systemu informatycznego Leśne Centrum Informacji. Minister Funduszy i Polityki Regionalnej, po rozpatrzeniu odwołania Instytutu, utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję. Zdaniem Ministra od początku realizacji projektu skarżący miał świadomość nierealnych terminów wykonania poszczególnych zadań i stworzenia systemu, objętego umową o dofinansowanie. Działania beneficjenta mogły wpłynąć na krąg potencjalnych oferentów, którzy wzięliby udział w postępowaniu na stworzenie systemu, gdyby mieli wiedzę, że termin realizacji zamówienia zostanie przedłużony. Minister podkreślił, że z akt sprawy nie wynika, aby beneficjent występował do instytucji pośredniczącej o wyrażenie zgody na zmianę umowy zawartej z wykonawcą. Strona występowała do instytucji jedynie w kwestii przesunięcia terminu realizacji umowy o dofinansowanie. Nie jest wykazana w aktach sprawy również okoliczność, jakoby zmiany do umowy były każdorazowo akceptowane za uprzednią zgodą instytucji pośredniczącej. W ocenie organu odwoławczego, beneficjent dobrowolnie zmieniał warunki umowy, nie czekając nawet na stanowisko Instytucji pośredniczącej w zakresie udzielenia zgody na zmianę harmonogramu realizacji projektu. Ustosunkowując się do kwestii przedawnienia, organ odwoławczy wskazał, że kwestia przedawnienia środków wynikających z decyzji zwrotowej została unormowana w art. 66a u.f.p., obowiązującym od 2 września 2017 r. I to właśnie art. 66a u.f.p. stanowi przejaw skorzystania przez państwo członkowskie z możliwości, o której mowa w art. 3 ust. 3 rozporządzenia nr 2988/95, a nie - jak na to wskazuje beneficjent - dział III Ordynacji podatkowej. W dniu 8 lutego 2019 r., na podstawie art. 89 ust. 5 rozporządzenia nr 1083/2006, Komisja Europejska poinformowała o zamknięciu Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka 2007-2013 oraz wskazała dzień 28 grudnia 2018 r. jako datę zamknięcia Programu. W rozpatrywanej sprawie nie zachodzi więc przesłanka przedawnienia, bowiem 5 lat od daty zamknięcia programu upłynie dopiero 28 grudnia 2023 r. WSA w Warszawie, po rozpoznaniu skargi beneficjenta, uchylił zaskarżoną decyzje. Sąd zgodził się z organem, że w trakcie realizacji projektu dokonano istotnych zmian umowy poprzez zawarcie aneksów, w których jako podstawę dokonanych zmian wskazano § 13 ust. 13. 1 umowy, bez odniesienia się do konkretnych, samodzielnych przesłanek zawartych w oddzielnych podpunktach. Sąd w pełni podzielił stanowisko organów, że zacytowane postanowienia SIWZ oraz umowy przewidywały zmiany postanowień umowy zawartej z wykonawcą, niemniej nie określały one warunków wprowadzenia tych zmian. Podstawa zmiany umowy określona w SIWZ jako: w przypadku, gdy konieczność zmiany terminu wykonania lub odbioru prac danego etapu została spowodowana jest przyczynami niezależnymi od wykonawcy, w żadnej mierze nie spełnia wymogów art. 144 ust. 1 pkt 1 P.z.p. Przepis ten zakazuje istotnych zmian postanowień zawartej umowy w stosunku do treści oferty, na podstawie której dokonano wyboru wykonawcy, chyba że zamawiający przewidział możliwość dokonania takiej zmiany w ogłoszeniu o zamówieniu lub w specyfikacji istotnych warunków zamówienia oraz określił warunki takiej zmiany. Prawidłowo organy podnosiły, że już przed ogłoszeniem przetargu na wykonanie systemu, zamawiający miał świadomość, iż przyjęte w harmonogramie daty realizacji poszczególnych zadań są nierealne i będzie miało to wpływ na realizację Etapu 1. Posiadając te informacje beneficjent opublikował 2 września 2011 r. w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej ogłoszenie o zamówieniu. W sekcji II punkt 3 ogłoszenia pn. Czas trwania zamówienia lub termin realizacji wskazał czas realizacji: Rozpoczęcie 10.10.2011 r. Zakończenie 29.3.2013 r. Zgodnie z punktem IV.3.5 ogłoszenia o zamówieniu, termin składania ofert upływał 26 września 2011 r. o godz. 12.00. Sąd uznał, że w rozpatrywanej sprawie doszło do naruszenia przepisów prawa krajowego, tj. art. 144 ust. 1, art. 7 ust. 1 oraz art. 29 ust. 1 i 2 P.z.p. (ustawa z dnia 29 stycznia 2004 r. - Prawo zamówień publicznych (t.j. Dz. U. z 2010 r. Nr 113, poz. 759 z późn. zm.), umowy o dofinansowanie (§ 12 ust. 1, § 3 ust. 2 pkt 1, § 3 ust. 2 pkt 3 i 4) oraz Wytycznych w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013 (naruszenie Rozdziału 4 - Kwalifikowalności wydatków w ramach PO IG, Podrozdziału 3 - Warunki przejrzystości i dokumentowania wydatków kwalifikowalnych, ust. 1 lit. a oraz ust. 2), do przestrzegania których beneficjent zobowiązał się w umowie o dofinansowanie. Doszło też do wystąpienia nieprawidłowości. Za błędne WSA uznał stanowisko dotyczące przedawnienia. Sąd dostrzegł, że organ odwoławczy przyjął, że do kwestii przedawnienia w sprawie znajduje zastosowanie art. 66a u.f.p. W myśl art. 66a ust. 1 pkt 1 u.p.f. zobowiązanie do zwrotu środków, o których mowa w art. 60 pkt 6, przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od dnia: 1) w którym decyzja, o której mowa w art. 189 ust. 3b, albo decyzja, o której mowa w art. 207 ust. 9, stała się ostateczna. Zdaniem Sądu przepis art. 66a ww. ustawy nie ma zastosowania w sprawie, gdyż wskazany art. 66a u.f.p. termin przedawnienia dotyczy wykonania decyzji w przedmiocie zwrotu środków (przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków), a nie do "przedawnienia wydania decyzji zwrotowej". Patrząc na literalne brzmienie ww. przepisu nie można go zastosować w sprawie zbadania czy przedmiotowe decyzje zwrotowe wydane na podstawie art. 207 ust. 9 u.p.f. zostały wydane po upływie okresu przedawnienia, gdy w ww. przepisie dzień w którym decyzja zwrotowa stała się ostateczna, stanowi początek biegu terminu przedawnienia. Dlatego też art. 66a u.f.p. nie ma zastosowania w niniejszej sprawie. Wg. Sądu, właściwym reżimem prawnym w zakresie przedawnienia prawa do żądania zwrotu środków unijnych są przepisy rozporządzenia Rady (WE Euratom) nr 2988/95. Na gruncie tego przepisu stwierdzić należy, że termin przedawnienia winien być liczony od daty zaistnienia nieprawidłowości. W orzecznictwie wskazuje się, że początek biegu przedawnienia nie jest związany z otrzymaniem środków finansowych, ale z samym zdarzeniem zaistnienia nieprawidłowości i ich ustania. Przepis art. 3 ust. 1 tego rozporządzenia przewiduje jako zasadę czteroletni okres przedawnienia liczony od czasu dopuszczenia się nieprawidłowości określonej w art. 1 ust. 1, w przypadku nieprawidłowości ciągłych lub powtarzających się okres przedawnienia biegnie od dnia w którym nieprawidłowość ustała. Jednocześnie przepis art. 3 ust. 1 wyznacza ostateczny okres przedawnienia, stanowiąc, że "w przypadku programów wieloletnich okres przedawnienia w każdym przypadku biegnie do momentu ostatecznego zakończenia programu". Aby określić datę "ostatecznego zakończenia programu", do której biegnie okres przedawnienia należy uwzględnić dzień zakończenia danego "programu wieloletniego". Po upływie nieprzekraczalnego terminu określonego przez Komisję dla zakończenia prac i dokonania płatności z tytułu związanych z tymi pracami wydatków kwalifikowalnych, projekt taki należy uznać za ostatecznie zakończony, bez uszczerbku dla ewentualnego przedłużenia na mocy nowej decyzji Komisji w tym zakresie. W sprawie bezsprzecznie mamy do czynienia z programem wieloletnim jakim jest Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka realizowany w latach 2007-2013. W wyroku C-436/15 Alytaus regiono atliekų tvarkymo centras Trybunał Sprawiedliwości wyjaśnił, że ostateczne zakończenie programu w rozumieniu art. 3 ust. 1 akapit 2 rozporządzenia nr 2988/95 nie oznacza upływu terminu przedawnienia nieprawidłowości, których dopuszczono się w toku jego realizacji. W terminie tym przedawniają się jedynie te nieprawidłowości, które popełniono cztery lata przed ostatecznym zakończeniem programu, jeżeli termin przedawnienia nie został przerwany wcześniej z powodów przewidzianych w art. 3 ust. 1 akapit 3 rozporządzenia nr 2988/95. Innymi słowy, termin przedawnienia nieprawidłowości popełnianych w toku wdrażania programów wieloletnich (art. 3 ust. 1 akapit 2 rozporządzenia nr 2988/95) pozwala na wydłużenie terminu przedawnienia, a nie na jego skrócenie. Sąd podkreślił, że decyzja określająca zwrot ma charakter deklaratoryjny i pogląd ten uznać należy za ugruntowany w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego. Wobec tego, do przerwania biegu terminu przedawnienia w rozumieniu art. 3 ust. 1 rozporządzenia nr 2988/95 nie wystarczy doręczenie decyzji organu wydanej w pierwszej instancji, lecz konieczne jest doręczenie decyzji ostatecznej. W ocenie Sądu, kwestia przedawnienia prawa do zwrotu środków wymaga poczynienia ustaleń przez organ odwoławczy. Brak w tym zakresie może mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Brak ustaleń w kwestii przedawnienia stanowi powód uchylenia zaskarżonej decyzji. Sąd nie podzielił także poglądu, wedle którego podstawę rekonstrukcji normy prawnej do ustalenia okresu przedawnienia prawa żądania zwrotu dofinansowania ze środków budżetu Unii Europejskiej stanowi przepis art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej bowiem w świetle zasady pierwszeństwa unijnego podstawę tę stanowią przepisy Unii Europejskiej. Pomimo zatem odesłania zawartego w art. 67 u.f.p. przepisów Ordynacji podatkowej w zakresie regulującym przedawnienie co do zasady nie stosuje się, z uwagi na przepisy szczególne rozporządzenia. Skargę kasacyjną od wyroku WSA w Warszawie wniósł Minister Funduszy i Polityki Regionalnej, zaskarżając go w całości. Zaskarżonemu wyrokowi zarzucił naruszenie prawa materialnego, tj.: 1) art. 66a ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1270, z poźn. zm., zwanej dalej "u.f.p.") poprzez jego błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że wskazany w tym przepisie termin przedawnienia dotyczy wykonania decyzji w przedmiocie zwrotu środków, a nie przedawnienia do wydania decyzji zwrotowej, gdy tymczasem przepis ten, zgodnie z jego brzmieniem oraz intencją prawodawcy, dotyczy terminu przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków, o których mowa w art. 60 pkt 6 u.f.p., a nie terminu przedawnienia wykonania decyzji w przedmiocie zwrotu środków, a w konsekwencji, z uwagi na wyżej wskazaną błędną wykładnię - jego błędne niezastosowanie, z uwagi na uznanie, że nie dotyczy on stanu faktycznego ustalonego w niniejszej sprawie, gdzie strona podnosi zarzut przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków, podczas, gdy przepis ten miał zastosowanie w sprawie; 2) art. 3 ust. 1 rozporządzenia Rady (WE,EUROAT0M] Nr 2988/95 z dnia 18 grudnia 1995 r. w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich (Dz. U. UE. L. 1995.312.1, zwanego dalej "rozporządzeniem nr 2988/95") poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, polegające na niezasadnym uznaniu, że organ powinien na podstawie tego przepisu ustalić kwestię przedawnienia, co doprowadziło Sąd do nieprawidłowego uznania konieczności uchylenia decyzji Ministra na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a P.p.s.a. jako wydanej z naruszeniem przepisu prawa materialnego, podczas, gdy przepis ten nie miał zastosowania w sprawie do ustalenia okresu przedawnienia, gdyż zastosowanie miał wprowadzony na gruncie przepisów krajowych art 66a ust. 1 u.f.p.; 3) art 3 ust. 1 rozporządzenia nr 2988/95 poprzez jego błędną wykładnię - co organ podnosi z ostrożności procesowej, niezależnie od zarzutu wskazanego w pkt 2 - polegającą na przyjęciu, że do przerwania biegu terminu przedawnienia w rozumieniu tego przepisu nie wystarczy doręczenie decyzji organu wydanej w pierwszej instancji, lecz konieczne jest doręczenie decyzji ostatecznej, co stoi w sprzeczności zarówno z utrwalonym dorobkiem orzeczniczym Naczelnego Sądu Administracyjnego potwierdzającym, że przerwanie okresu przedawnienia w rozumieniu ww. przepisu jest spowodowane przez każdy akt właściwego organu władzy, o którym zawiadamia się daną osobę, a który odnosi się do śledztwa lub postępowania sprawie nieprawidłowości (m.in. wyrok z 28 lipca 2023 r. I GSK 1680/19 oraz wskazane w nim orzecznictwo NSA), co oznacza, że do przerwania biegu przedawnienia nie jest konieczne doręczenie decyzji ostatecznej, jak również z literalną treścią art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95, który to przepis wprost wskazuje na "każdy akt właściwego organu władzy", toteż nie jest uprawnione zawężenie tego pojęcia jedynie do ostatecznej decyzji administracyjnej. Na podstawie art. 174 pkt 2 P.p.s.a. organ zarzucił zaskarżonemu wyrokowi naruszenie przepisów postępowania, mających istotny wpływ na wynik sprawy: 1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. w zw. z art. 7, art. 77 § 1 i art. 80 K.p.a., poprzez błędne przyjęcie przez Sąd pierwszej instancji, że ustalenia faktyczne organu w zakresie kwestii przedawnienia należy uznać za niewystarczające, a podjętą na ich podstawie ocenę prawną za wadliwą, czego konsekwencją było uchylenie zaskarżonej decyzji, podczas gdy organ dokonał wszelkich ustaleń relewantnych dla rozstrzygnięcia niniejszej sprawy i szczegółowo przedstawił je w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, jak również w sposób wyczerpujący rozpatrzył cały materiał dowodowy w kontekście zaistnienia ustawowych przesłanek wystąpienia przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków przez beneficjenta, niezależnie od tego, która podstawa materialnoprawna zostanie uznana przez sąd za właściwą dla oceny zaistnienia przedawnienia w niniejszej sprawie; 2) art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez zaniedbanie wskazania w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku szczegółowych wskazań co do dalszego postępowania, a poprzestanie jedynie na ogólnym stwierdzeniu, że kwestia przedawnienia "wymaga poczynienia ustaleń" przez organ odwoławczy, bez jakiegokolwiek wskazania czego miałyby dotyczyć dodatkowe ustalenia faktyczne niezbędne do poczynienia w sprawie, w sytuacji gdy organ w obszernym uzasadnieniu decyzji precyzyjnie ustalił i wskazał daty wszelkich istotnych czynności związanych z realizacją projektu przez beneficjenta, zidentyfikowaną nieprawidłowością oraz procesem odzyskiwania kwoty środków podlegających zwrotowi, co oznacza, że niezależnie od przyjętego przez sąd reżimu prawnomaterialnego dla oceny kwestii przedawnienia nie jest konieczne dokonywanie dodatkowych ustaleń faktycznych, zaś uzasadnienie zaskarżonego wyroku uniemożliwia stronie w tym zakresie zrekonstruowanie motywów, którymi kierował się sąd wydając zaskarżone orzeczenie, jak również uniemożliwia w tej części prawidłowe wykonanie zaskarżonego orzeczenia. Na tej podstawie skarżący kasacyjnie organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, a także zasądzenie na swoją rzecz od instytutu kosztów postępowania. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje: Zgodnie z art. 183 § 1 P.p.s.a. (ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm.) Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu biorąc pod uwagę tylko nieważność postępowania. Jak stanowi zaś art. 174 P.p.s.a. skargę kasacyjną można oprzeć na: naruszeniu prawa materialnego, przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1), bądź na naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2). Skarżący kasacyjnie organ – Minister Funduszy i Polityki Regionalnej sformułował przeciwko zaskarżonemu wyrokowi łącznie pięć zarzutów, spośród których trzy pierwsze zostały oparte na twierdzeniach odnoszących się do naruszenia przez Sąd pierwszej instancji przepisów prawa materialnego, pozostałe zaś dwa wskazują na uchybienie przez WSA w Warszawie regulacjom procesowych, w stopniu który, zdaniem organu, miał istotny wpływ na wynik sprawy. W tej sytuacji, tj. podniesienia przez skarżący kasacyjnie organ zarzutów opartych na obu wymienionych w art. 174 pkt 1 i pkt 2 P.p.s.a. podstawach prawnych, w pierwszej kolejności odnieść się należy do zarzutów procesowych, gdyż ocena prawidłowości zastosowania regulacji prawa materialnego może zostać przeprowadzona w odniesieniu do okoliczności faktycznych, których prawidłowość ustalenia nie budzi wątpliwości. Przed przejściem jednak do oceny poszczególnych zarzutów kasacyjnych w pierwszej należy poczynić kilka uwag natury ogólnej, odnoszących się do kwestii poruszanych w ramach wszystkich zarzutów skargi kasacyjnej. Otóż w tym aspekcie należy przede wszystkim zauważyć, że WSA w Warszawie uchylił zaskarżoną decyzję Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej, z uwagi na uznanie niezasadności jego stanowiska w kwestii oceny okoliczności mających wpływ na bieg terminu przedawnienia. W tym względzie zwrócił uwagę na ocenienie tej problematyki przez organ z punktu widzenia niewłaściwych regulacji, tj. art. 66a u.f.p. zamiast art. 3 rozporządzenia 2988/95, a także błędny pogląd co do okoliczności mających wpływ na przerwanie biegu terminu przedawnienia. Oprócz tego zaznaczył wymagające uzupełnienia niedostatki poczynionych w sprawie ustaleń faktycznych, zwłaszcza w odniesieniu do okoliczności istotnych z punktu widzenia oceny upływu terminu przedawnienia. Takie stanowisko Sądu w tej sprawie, a zwłaszcza jego ocena, ma istotne znaczenie, gdy to wyłącznie do niego odnoszą się podnoszone w poszczególnych zarzutach twierdzenia. W ramach zarzutu procesowego nr 2) skarżący kasacyjnie organ wytknął Sądowi pierwszej instancji dopuszczenie się uchybienia art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez nie dość precyzyjne przedstawienie wskazań co do dalszego kierunku postepowania. Z takim stanowiskiem organu nie można się jednak zgodzić, gdyż WSA w Warszawie, jak to już wyżej zasygnalizowano, oparł swoje stanowisko w sprawie, na zakwestionowaniu poglądu organu, co do zagadnień związanych z przedawnieniem, zarówno w ujęciu prawnym jak i faktycznym. Tak więc wskazując, iż kwestia przedawnienia wymaga dodatkowych ustaleń, w kontekście właściwej podstawy prawnej, treść wskazań Sądu, nie może być rozpatrywana jako nazbyt ogólna. Skoro WSA w Warszawie wskazał organowi odmienny sposób liczenia biegu terminu przedawnienia, związany z odmiennym od pierwotnego sposobem określenia terminu wystąpienia nieprawidłowości, wskazania Sądu nie mogą być uznane za niejasne. W ramach przedmiotowego zarzutu skarżący kasacyjnie organ podjął polemikę z Sądem co do merytorycznej zasadności zajętego w wyroku stanowiska, odnosząc się do szeregu okoliczności, mających zdaniem Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej istotne znaczenie dla oceny problematyki przedawnienia. W związku z tym w tym miejscu podkreślić należy, że poprzez zarzut oparty na twierdzeniach odnoszących się do naruszenia art. 141 § 4 P.p.s.a. nie można kwestionować merytorycznej zasadności stanowiska Sądu. Przepis ten odnosi się bowiem wyłącznie do formalnych wymogów uzasadnienia i tylko w tych kategoriach można rozważać jego naruszenie. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku odpowiada wymogom z art. 141 § 4 P.p.s.a. tak więc wyrażone w nim stanowisko WSA w Warszawie poddaje się kontroli instancyjnej. W związku z tym nie można zasadnie mówić o uchybieniu tej regulacji przez Sąd pierwszej instancji. Jeżeli chodzi natomiast o drugi z procesowych zarzutów skargi kasacyjnej organu, oznaczony w jej treści numerem 1), to w tym wypadku również nie sposób uznać jego zasadności. W tym zakresie zauważyć bowiem należy, że zakres niezbędnych do przeprowadzenia w każdej sprawie ustaleń (postępowania dowodowego) determinowany jest wykładnią i zastosowaniem konkretnych regulacji prawa materialnego. W niniejszym przypadku Sąd zakwestionował przed wszystkim stanowisko organu w aspekcie materialnoprawnym, tak więc zasadność jego oceny w tym względzie jest kluczowa. Aspekt procesowy ma w tym wypadku wtórne znaczenie. Tym samym więc tego rodzaju zarzut nie możne stanowić podstawy uchylenia zaskarżonego wyroku. W ramach pierwszego z materialnoprawnych zarzutów skarżący kasacyjnie organ podniósł naruszenie przez WSA w Warszawie art. 66a, poprzez jego błędną wykładnię, polegającą na przyjęciu, że wskazany w tym przepisie termin przedawnienia dotyczy wykonania decyzji w przedmiocie zwrotu środków, a nie przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków – tj. przedawnienia do wydania decyzji w tym przedmiocie. To zaś miało skutkować nieprawidłowym niezastosowaniem tejże regulacji. Odnosząc się do tej postaci zarzutu stwierdzić należy, że choć jego twierdzenia są w znacznej mierze zasadne, to jednak nie może on stanowić podstawy uchylenia zaskarżonego wyroku. Otóż zasadnie w tym wypadku podnosi Minister Funduszy i Polityki Regionalnej, że przepis art. 66a u.f.p. nie dotyczy wykonania decyzji w przedmiocie zwrotu środków, jak to przyjął Sąd pierwszej instancji. O ile bowiem w ust. 1 pkt 1) tej regulacji (art. 66a u.f.p.) ustawodawca rzeczywiście odwołuje się do sposobu liczenia biegu terminu przedawnienia, poczynając od wydania decyzji, co może rodzic pewne wątpliwości, to jednak w pkt 2 mówi o wypłacie salda, jako początku biegu terminu, w związku z czym brak jest podstaw do przyjęcia, że w tym wypadku mogło mu chodzić nie o sposób liczenia terminu do dochodzenia konkretnych należności publicznoprawnych, co o termin przedawnienia do wykonania decyzji wydanej w tym przedmiocie. W tym aspekcie zwrócić należy również uwagę, że Minister Funduszy i Polityki Regionalnej w swojej decyzji, rozważając problematykę przedawnienia, do odwołał się do art. 66a ust. 1 pkt 2 u.f.p., koncentrując się na kwestii daty wypłaty salda, to Sąd rozważając problematykę przedawnienia skupił się na pkt 1) tejże regulacji, który mówi o dacie wydania decyzji ostatecznej. Jego ocena więc nie jest w tym wypadku do końca adekwatna, z punktu widzenia poglądu wyrażonego przez organ. Tak więc choć stanowisko WSA w Warszawie w omawianym względzie nie jest prawidłowe, to jednak nie można zgodzić się z organem, że problematyka dotycząca ewentualnego przedawnienia dochodzonych od Instytutu należności, winna być rozpatrywana z punktu widzenia art. 66a u.f.p. Zauważyć bowiem należy, że TSUE w wyroku z 6 lutego 2025 r., sygn. C-42/24, Emporiki Serron AE, stwierdził, że art. 3 ust. 1 i 3 rozporządzenia nr 2988/95 w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich w związku z zasadą pewności prawa należy interpretować w ten sposób, że nie stoi on na przeszkodzie uregulowaniom krajowym ustalającym termin przedawnienia dłuższy niż termin przewidziany w art. 3 ust. 1, z zastrzeżeniem poszanowania zasady proporcjonalności. Przepisy te stoją natomiast na przeszkodzie uregulowaniom krajowym, które przewidują, że ten termin przedawnienia biegnie od dnia, w którym organy krajowe stwierdziły nieprawidłowość w odniesieniu do przepisów tego rozporządzenia. Oprócz tego TSUE zaakcentował, że z samego brzmienia art. 3 ust. 1 i 3 rozporządzenia nr 2988/95 w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich wynika, że ustanawiając ten przepis, prawodawca Unii zamierzał jedynie umożliwić państwom członkowskim wydłużenie terminu przedawnienia w stosunku do terminu przewidzianego w art. 3 ust. 1 rozporządzenia nr 2988/95, z wyłączeniem wszelkich zmian momentu rozpoczęcia biegu tego terminu. Zgodnie ze stanowiskiem skarżącego kasacyjnie organu regulacja art. 66a u.f.p. ma być wyrazem skorzystania przez prawodawcę krajowego z możliwości o której mowa w art. 3 ust. 3 rozporządzenia 2988/95, pozwalającego na wydłużenie terminu przedawnienia. Tak więc gdyby tak go odczytywać, to zmodyfikowany w nim sposób przyjęcia początku biegu terminu przedawnienia, w świetle stanowiska TSUE, wyrażonego w wyroku z 6 lutego 2025 r., sygn. C-42/24, nie pozwala na jego zastosowanie. Wobec tego stanowisko WSA w Warszawie, zakwestionowane przez organ w tym względzie, choć niewątpliwie błędne, w zakresie jego uzasadnienia, odpowiada jednak prawu. W efekcie bowiem ocena prawidłowości sposobu liczenia biegu terminu przedawniania, nie może być realizowana z punktu widzenia art. 66a u.f.p., jak to przyjął organ. Co do zrzutu nr 2) to w tym miejscu stwierdzić należy, że nie można zgodzić się z organem, że w niniejszej sprawie Sąd pierwszej instancji niesłusznie przyjął konieczność zastosowania, co do kwestii przedawnienia, art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95, zamiast art. 66a u.f.p. W tym aspekcie aktualne pozostają wyżej wskazane argumenty, odnośnie niemożności zastosowania art. 66a u.f.p. Skoro zaś nie wchodzi tutaj w grę zastosowanie art. 66a u.f.p., to twierdzenia omawianego zarzutu nie znajdują uzasadnionych podstaw. Skarżący kasacyjnie organ zasadnie podniósł, w ramach zarzutu nr 3, że Sąd pierwszej instancji dokonał błędnej wykładni art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95 przyjmując, iż do przerwania biegu terminu przedawnienia w rozumieniu tego przepisu nie wystarczy doręczenie decyzji organu wydanej w pierwszej instancji, lecz konieczne jest doręczenie decyzji ostatecznej. Pogląd tego rodzaju nie znajduje uzasadnienia zarówno w rezultatach wykładni gramatycznej tej regulacji, jak również systemowej i funkcjonalnej. Zgodnie z treścią tego przepisu art. 3 ust. 1 tiret 3 przerwanie okresu przedawnienia jest spowodowane przez każdy akt właściwego organu władzy, o którym zawiadamia się daną osobę, a który odnosi się do śledztwa lub postępowania w sprawie nieprawidłowości. Po każdym przerwaniu okres przedawnienia biegnie na nowo. Prawodawca unijny mówi tu o przerwaniu biegu przedawnienia poprzez podjęcia jakiegokolwiek (każdego) aktu odnoszącego się do postepowania w sprawie nieprawidłowości, wobec czego nie można nawet przyjąć, że bezwzględnie musi to być decyzja. Akt ten może stanowić bowiem wezwanie do zwrotu środków czy też informacja o wszczęciu postepowania w tej właśnie sprawie. Już więc z tego tylko względu stwierdzić należy, że pogląd w myśl którego akt ten można utożsamiać jedynie z decyzją ostateczną, jak to przyjął WSA w Warszawie, nie znajduje żadnych podstaw. Tak więc stanowisko Sądu pierwszej instancji w tym względzie jest nieuprawnione. Niemniej jednak w sytuacji, w której WSA w Warszawie zakwestionował przyjęte przez organ prawne podstawy oceny ewentualnego upływu terminu przedawnienia, problematyka jego przerwania nie ma decydującego znaczenia. Choć ocena Sądu w tym względzie wymaga korekty, to jednak nie zmienia to faktu, że zaskarżony wyrok, pomimo częściowo błędnego uzasadnienia, odpowiada prawu. Reasumując stwierdzić należy, że WSA w Warszawie zasadnie zakwestionował wyrażone w zaskarżonej decyzji stanowisko Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej, co do tego, że ocena biegu terminu przedawnienia w okolicznościach niniejszej sprawy nie może być oceniana z punktu widzenia art. 66a u.f.p. Wprawdzie uzasadnienie tego poglądu nie było do końca właściwe, z uwagi na nieprawidłową ocenę charakteru terminów w których mowa w tym przepisie, a także motywy wynikające z wyroku TSUE z 6 lutego 2025 r., sygn. C-42/24, jak również błędną wykładnię art. 3 ust. 1 tiret 3 rozporządzenia 2988/95, to jednak zaskarżoną do WSA w Warszawie decyzję należało uchylić. Tym samym wyrok tego Sądu, pomimo błędnego w znacznym zakresie uzasadnienia, odpowiada prawu. Z uwagi więc na to Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 P.p.s.a., in fine, oddalił skargę kasacyjną Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej.